Το Πρωτοδικείο Θεσσαλονίκης συστάθηκε με το ΦΕΚ 88-11/04/1914 και διευθύνεται από Τριμελές Συμβούλιο Διεύθυνσης, το οποίο αποτελείται από έναν Πρόεδρο Πρωτοδικών, ως Πρόεδρο και δύο Πρωτοδίκες ως μέλη. Ο Πρόεδρος και τα μέλη του Τριμελούς Συμβουλίου, καθώς και οι αναπληρωτές τους, εκλέγονται με μυστική ψηφοφορία από την Ολομέλεια του Δικαστηρίου, κάθε δύο χρόνια, το τρίτο Σάββατο του μηνός Σεπτεμβρίου. Σήμερα στο Πρωτοδικείο Θεσσαλονίκης υπηρετούν : 31 Πρόεδροι Πρωτοδικών, 77 Πρωτοδίκες, 17 Πάρεδροι και 196 Δικαστικοί Υπάλληλοι.
Τριμελές Συμβούλιο Διεύθυνσης Πρωτοδικείου Θεσσαλονίκης (από 1-10-2022 μέχρι 30-9-2024 ) :
| # | Ονοματεπώνυμο | Βαθμός | Ιδιότητα |
|---|---|---|---|
| 1 | Πέτρος Αλικάκος | Πρόεδρος Πρωτοδικών | Πρόεδρος |
| 2 | Αικατερίνη Καραΐνδρου | Πρωτοδίκης | Μέλος |
| 3 | Δέσποινα Σκαρλάτου | Πρωτοδίκης | Μέλος |